Obrovské město Antiků plné nevyužitých technologií, pravděpodobně sloužící jako centrální spojení pro antické aktivity v galaxii Pegasus. Nyní když lidé ze Země objevili ztracené město, stalo se jejich základnou při prozkoumávání galaxie. Město tvoří šest hranatých stožárů spojených ke středu ostrova, který obsahuje velící věž. Celé město je při normálním provozu napájeno třemi Zero point moduly, které však byly vyčerpány a tak se teď o napájení stará nespočet naquadahových generátorů donesených ze Země.

Město je samo o sobě schopné vesmírných letů. Původně se nacházelo na povrchu Země, na kontinentě, který se později stal Antarktidou. Před asi pěti až deseti milióny lety Antikové opustili Zemi společně se svým obrovským městem a přenesli jej na planetu v galaxii Pegasus (později známou jako Atlantica). Po tamní válce s Wraithy, Antikové ponořili město do oceánu a vrátili se na Zemi hvězdnou bránou. Město bylo nalezeno po tisících letech expedičním týmem ze Země, vedenýmElizabeth Weirovou.

Po jejich příchodu městské systémy detekovali přítomnost pozemského týmu a začali s reaktivací světel a energetických systémů, čímž totálně vyčerpali veškerou dostupnou energii a silový štít chránící město před všeobklopující vodou pod hladinou oceánu se začal pomalu hroutit. Automatické záchranné systémy vynořily město zpět nad hladinu dříve, než štít úplně zkolaboval, což učinilo Atlantidu bezbrannou vůči případnému útoku. Město se nyní rozprostírá jako ostrov uprostřed oceánu, vzdálené pouhých 25 minut cesty Puddle jumperem (malou kosmickou lodí, kterou po sobě Antikové v Atlantidě zanechali) od pevniny.

Neboť Atlantis Stargate je pravděpodobně jediným možným spojením se Zemí a naší galaxií obecně, byly z bezpečnostních důvodů všem nejvyšším důstojníkům rozděleny samodestrukční kódy, pro případ že by Atlantis padl do rukou nepřítele (Wraithů). Dva osobní kódy jsou potřebné pro spuštění samodestrukce přetížením naquadahových generátorů a vyvolání 20ti kilotunového výbuchu.

Pomyslné paže města, stejně jako další rozličná místa ve městě, jsou snadno dosažitelná pomocí transportních místností. Atlantis obsahuje nespočet stavení různých velikostí s jedním centrálním zařízením - řídící věží, která obsahuje hvězdnou bránu. Město se skládá z množství různých částí (místností):

MÍSTNOST S BRÁNOU
Také známa pod označením Stargate Command, atlantská místnost s bránou je obrovská a tudíž vhodná jako shromaždiště před odchodem pro skupiny vojenských jednotek nebo obrovké expedice. Stargate je umístěna na vyvýšené plošině, která umožňuje přístup z mnoha různých stran pro případ včasné zdravotnické pomoci nebo náhlé evakuace personálu. Před bránou je několik schodišť, po kterých se lze snadno a rychle dostat přímo do řídících a konferenčních místností. Ve druhém podlaží se na každé straně nachází malá terasa s vyhlídkou na bránu a otevírací strop umožnuje jumperům snadný
přístup k bráně.

ŘÍDÍCÍ MÍSTNOST
Řídící místnost se rozprostíra napříč, nad okolím brány. Místnost je řídícím centrem pro celou atlantskou základnu. Je vybavena množstvím řídících stanic umožňujících monitorování a správu základny. V místnosti se také nachází antická verze D.H.D, která umožňuje pomocí tlačítek vytáčet stargate adresy. Odsud může také personál kontrolovat silové pole před bránou (obdoba pozemského irisu), nahlížet do antické databáze adres, spravovat rozdělení energie dodávané městu a městské komunikační systémy a mnoho dalšího.

PROJEKČNÍ MÍSTNOST
Tato místnost obsahuje velké 3-rozměrné holografické rozhraní, které umožňuje uživateli pozorovat zaznamenané informace. V této místnosti může být promítána historie Antiků stejně jako jejich hvězdné mapy a mnoho dalšího pomocí ovládácího panelu před projekční konzolí. Strop je perfektně přizpůsoben pro zobrazení pozice Atlantisu v Pegasuské galaxii, stejně jako světy, které byli osídleny lidskou formou života před mnoha tisíciletími.


LÉKAŘSKÉ ODDĚLENÍ
Místnost je určena pro nemocné a zraněné pacienty, kteří vyžadují neustálou péči a dozor. Zařízení je také velice dobře vybaveno pro biologický výzkum, například umělé vytvoření antického genu a jeho implantace dalším osobám nebo rozbor nebezpečných biologickcýh virů. Oddělení je vedeno doktorem Carsonen Beckettem, právě díky jemuž byl antický gen uměle vytvořen a úspěšně odzkoušen.


HANGÁR PRO PUDDLE JUMPERY
Atlantis je vybaven rozlehlým kruhovým hangárem pro Puddle jumpery, který je složen z mnoha podlaží určených pro tato malá plavidla. Tato místnost je umístěna přímo nad místností s bránou. Pilot si vybere loď a přesune se s ní doprostřed místnosti, kde se pod ním rozevře podlaha a on může sestoupit přímo před bránu, což mu umožní snadný průlet bránou. Lodní ovládání samozřejmě umožňuje i otevření střechy hangáru, kudy lze vyletět pryč z města.

V Atlantidě se ještě nachází několik vědeckých laboratoří. Mnoho z těchto zařízení se nachází přímo ve velící věži. Město samo o sobě je tak obrovské, že ještě nebylo z velké části prozkoumáno a určitě ještě obsahuje mnoho antických zařízení, které čekají na prozkoumání a využití druhou generací lidského druhu.